Adamos

чтобы не делать такую процедуру вновь

Достаточно записать эту "процедуру" командами в preseed и на следующей подготовленной машинке просто запускать установку системы, скормив ей этот preseed-файл. Через полчаса без всяких вопросов к администратору система будет готова, причем со свежими пакетами.
Если это требуется проделывать чаще раза в месяц - тогда лучше все-таки освоить оркестрацию, тот же Ansible.

Сам rsync может удалять скопированные файлы, если вам это надо.
Правда, он оставит пустые папки, придется подчищать, например, по таким рецептам:
https://unix.stackexchange.com/questions/78375/mov...
Кстати, ключ -aoz избыточен, -az достаточно. См. расшифровку -a.

В огороде бузина, в эмуляторе консоли MC, а буфер - в DE.
И никакой связи между MC и DE нет и быть не может.
Хочется тягать в телегу файлы из файлового менеджера - пользуешься файловым менеджером DE, можно будет хоть drag-n-drop-ать мышкой.

Gnome и Qt - разные библиотеки, настройки в одной из них (даже если они представлены как "системные") другую не меняют.
Самый тупой и примитивный, для чайников и любителей темных тем, вариант - поставить в систему Кеды (метапакетом kde-plasma-desktop), выйти из Гнома, войти в Кеды, сделать настройки, вернуться в Гном и радоваться.
Считающим себя более продвинутыми, но упорствующими в темных темах - поискать среди пакетов те, которые только настраивают Qt под Кедами (наизусть не помню, мне темнить не требуется).

Например, вот в этом баге пишут, что предположительно именно блокировщик тут и косячит.

"Пойдет" - практически любой. Но любой же будет тормозным, если ноут в базовой комплектации.
2 гига памяти - то, на чем Хром или Файрфокс будут постоянно лезть в своп.
Маленький HDD - гвоздь в крышку гроба.
От конкретного дистрибутива большой разницы ждать не приходится.
У этого ноута должна быть штатная возможность увеличения памяти хотя бы вдвое и смены винта на твердотельник.
После этого, например, в Xubuntu 20.04 он вполне адекватно будет работать.

но знаю

"Но слышал", obvious fix.
Памяти современному браузеру мало. Если там еще и винт HDD на 5400 оборотов - без смены его на SSD ни о каком комфорте даже заикаться не стоит.
По-хорошему, на этот ноут стоит ставить современный ему дистрибутив. Xubuntu 12.04, например.
Но в нем, разумеется, не будет "современного" браузера, будет Firefox образца 2015 года.
Можно попробовать что-нибудь легковесное из современного и легкий же браузер - Midori, например.
Но вам в таком минимализме, к гадалке не ходи, "комфортно" не будет ;)

Берешь первый попавшийся вирус, переименовываешь его в Тебе_сообщение_лошара.exe и кидаешь в расшаренную папку.
Дефендер делает стойку на файлик и показывает юзеру его название.
Никаких сторонних программ ;)

Хуже того - копирование корня приведет вас к виртуальным системам /proc, /run, /dev... кстати, /dev/random вы можете копировать очень долго %)
Стоит разобраться в том, что именно вы хотите сбэкапить, и копировать именно это. Корень - это не "системный диск", как С: в виндах. Это начало всех путей, непосредственное обращение к которому, как правило, не требуется вовсе.

Вопрос поставлен однобоко - это не взвешенный выбор, а нытье "мне же и так хорошо, дайте мне оправдание ничего не делать".
Если развернуть вопрос - есть ли необходимость или очевидные плюсы оставаться на Виндах? - вполне может оказаться, что кроме привычки и "синдрома утенка" никаких аргументов и не найдется.
При этом знание Линуксов человеку, который работает с серверами, как минимум полезно. А вот знание Виндов в этой же области не дает ничего, кроме плохих привычек...

На машине какого цвета лучше ездить на работу летчиком?

Вроде бы довольно очевидно, что под ковыряние в ДотНетах специально не приспосабливался никакой Линукс.
И столь же очевидно, что поставить сервер БД и запускать Java-IDE - можно на любом Линуксе.
Критерии выбора перпендикулярны этому самому выбору.

Переход на Линукс - это революция, нужно использовать ее нестабильность для того, чтобы менее болезненно расстаться с прошлым.
Нужно вернуться к построению техпроцесса и спросить себя, почему вообще были выбраны эти программы, что именно в них делается и почему все это делается именно так.
Вполне может оказаться, что единственная причина их использования - потому что так исторически сложилось, никто даже не пытался работать по-другому.

Если после этого этапа все-таки окажется, что для работы необходимы именно программы, выполняющие определенные функции - стоит рассмотреть нативные альтернативы.

И только если выяснится, что имеет место вендор-лок и разрушить его невозможно - тогда хвататься за Wine.

Ну, и думать, что вы будете делать, когда занавес станет сначала золотым, а потом железным. Без обновлений, без совместимости с новыми форматами и стандартами, без возможности юридически "по-белому" работать, наконец...
Впрочем, тогда деградирует вся IT-отрасль, разумеется, и в этом хроноклазме отставание будет менее заметным.

часов 120 расчетов

На 100 компьютерах. Считая, что каждый из них потребляет очень скромные 100 ватт, а электроэнергия оплачивается по скромному тарифу 5 руб/кВт*ч, получаем, что универ должен будет заплатить за ваши опыты от 6 тысяч, а скорее всего, кратно больше.
Есть сомнения, что ваш препод действительно что-то согласовывал с бухгалтерией - и, что еще более сомнительно, что кто-то, ответственный за противопожарную безопасность, готов санкционировать ночную работу компьютерных классов без присмотра.
Скорее всего, он просто решил дать вам самому возможность оценить масштаб геморроя и отказаться от этой затеи.

Тем более, что легкого решения у задачи действительно нет. Нужно настраивать:
- дистрибутив, который загрузится вживую и запустит расчет;
- сервер, готовый выдать этот дистрибутив любому компьютеру, который постучится по сети;
- и каждую из этой сотни машин на загрузку именно по сети, но только ночью - с утра там должны без помех загрузиться винды.
То есть, как минимум, нужно вырубить тот сервер - и убедиться, что каждая машинка таки загружает винду.
Без опыта администрирования.
Часов 120? Пожалуй...

Вашим файлам в первую очередь угрожает не то, что вы

хочу переехать на manjaro

, а то, что вы

всю жизнь использовал windows 7

Дурные привычки, работа под рутом, одной командой сносится диск... нет, не советую.
Начните с дуалбута, если уж решились.
Ваше файло будет прекрасно видно на виндовском диске из-под Линукса.

DOOM? Пойдет, конечно. Первый, досовский.
Эта балалайка была говном еще при покупке. На ней и ХРюшка-то никогда не летала, а вы хотите что-то современное натянуть.
Ну, может быть, Убунта и заработает. Если, конечно, вы найдете где-то образ Убунты 8.04, например.