Прежде чем что то делать, нужно убедиться что проблема с inodes.
Воспользуйтесь командой:
[alexsystem ~]# df -i
Filesystem Inodes IUsed IFree IUse% Mounted on
/dev/hda2 121896960 227651 121669309 1% /
/dev/hda1 26104 44 26060 1% /boot
tmpfs 64417 1 64416 1% /dev/shm
Значения IUsed, IFree, IUse% дадут вам понимание, в какой файловой системе (разделе) у вас проблема.
Потом нужно посмотреть, в какой папке больше всего вложенных элементов (файлов и папок), а потом вывести их списком, список отсортировать в возрастающем порядке, используйте вот такой конвейер:
find . -mindepth 2 | awk -F/ '{ print $2"/" }' | sort | uniq -c | sort -n | tail -10
mindepth 2 или 3 потому, что достаточно просмотреть/посчитать файлы в папках 2/3 уровней вложенности. tail -10 это значит будет показан топ 10 папок с наибольшим количеством элементов.
На самом деле, когда в системе все сделано правильно, то такой проблемы как недостаток inodes не возникает.
Как минимум это подтверждает мой опыт использования SCO UNIX 3.2v4.2 на промышленном предприятии, SCO Open Desktop 3, OpenServer 5 в банке для работы банковской системы, RedHat Linux, CentOS в разных "диспетчерских" (колл-центрах). Не было проблем с инодами.