Список книг:

• "ES6 и не только" Кайл Симпсон. - очень хорошая книга, достойна чтобы просто прочитать, переведена достаточно хорошо.
  
• Learning JavaScript Design Patterns автор Addy Osmani примеры правда большинство относятся к ES5, что можно подчерпнуть как там выглядить паттерны, ну какой должен быть хороший стиль, очень хорошая книга
  

Ещё один способ, берет библиотеку jQuery и разбирайте её на части)) очень интересное штука и занимает многие вечера. Но пользы будет очень много. Ибо когда-то это библиотечка произвела фурор)

Зачем удалять?
Если хотит обновить:

sudo npm cache clean -f
sudo npm install -g n
sudo n stable

Если удалять, то тут несколько версия:
Самый ппростой, идете и дропайте сам бинарник
sudo rm /user/bin/node
Можно, как выше:
sudo apt remove nodejs
но судя по ошибкам вы просто забыли добавить `sudo`, и он пытаеться дропнуть директории.