Я только начал изучать Unity и тоже столкнулся с этой проблемой. Нашёл временное решение, хотя, скорее всего, правильней делать по-другому. После создания новой сцены нажимаю в правом нижнем углу на надпись Auto Generating Lightning Off и в появившемся окне нажимаю на чекбокс AutoGenerate. Надеюсь, кто-нибудь ответит как можно сделать так, чтобы не проделывать данную процедуру после создания каждой новой сцены.
