Мне кажется, стоит сначала определить для чего вам Линукс и от этого уже плясать.
Лично мне в свое время было интересно развернуть веб-сервер, настроить всё так чтобы можно было увидеть свою страницу через и-нет. Поэтому я старался узнать, какой веб-сервер взять, как его установить, что там поменять в конфигурации и так далее. Параллельно с этим на практике я волей-неволей учил то, как создать папку, как файл отредактировать, как права задавать на чтение/запись.
Изучать же это (команды, их систаксис, ключи и тому подобное) с отрывом от реальной задачи считаю пустой тратой времени. Всё равно все вылетет из головы.