Sublime меняет только отображение, tab'ы остаются при этом. Гитхаб же показывает установленный у него размер tab'а.
Опция:
"translate_tabs_to_spaces": true
сделает, чтоб при нажатии tab автоматом ставились пробелы указанной длины. При вашей настройки будет 2 пробела и будет при этом автоматическая подгонка, как при tab'ах.