Какие порты открывать, а какие нет - зависит от того, что запущено на сервере и как Вы к нему подключаетесь.
Если это веб-сайт на линуксе с доступом по ssh, то очевидно нужны порты http/https и ssh (80/443, 22 по дефолту).
Если к серверу подключение происходит только через консоль хостинга, то 22 порт тоже скорее всего не нужен.
3306 нужен для удалённого управления базами данных, если не используете какой-нибудь MySQL Workbench или phpMyAdmin, запущенное на другом узле, то 3306 можно закрыть.