Кратко - иногда, какое-то.
В случае множества установок/удалений софта и железа, обновлений ос и софта (и железа), всяких изменений вносимых в реестр. Более компактный и упорядоченный реестр быстрее грузится и быстрее работает, не столько он сам, сколько ОС и софт, которым приходится читать и писать, но заметно это только не на SSD и если действительно изменения большие произошли.