Вы пытаетесь сменить фреймворк, но при этом использовать подходы из старого.
в каждом классе надо геттеры и сеттеры добавлять, но я сделал обертку для этого с __call но в какой директории её держать
С таким подходом проще на yii/laravel оставаться. Вы знаете что phpStorm автогенерирует геттеры/сеттеры? А вот phpDoc вы врятли поддерживаете. Зачем тогда вопросы про "чтобы другие разрабы меня поняли"? Где тут забота о разработчиках?
если все таки мне захочется как-то упростить себе жизнь и написать пару оберток, то где мне их хранить, чтобы другие разрабы меня поняли?
Обертки в конексте валидации - это не бизнес слой, остаются слои инфраструктурный и приложения. Я бы положил этот код в инфраструктурный слой(интерфейс + реализация). Еще вариант: в инфраструктурный слой положить интерфейс, в слое приложения положить вашу реализацию. Про слои я говорю в контексте "слоистой архитектуры"