Сущности - это ваши бизнес-объекты. Если мы конечно говорим о сущностях а не о энтитях доктрины (те могут быть бизнес-объектами, особенно если вы используете Doctrine 2.5, но все же там немножко другое).
Репозиторий - это отделение логики хранения данных от их использования.
Остаются сервисы. В идеале у вас есть DTO, которое перемещается между PhpExcel и вашим кодом. Этот самый DTO умеет переваривать только ваше приложение и сервис для работы с PHPExcel.
