Нарисуйте воздушные потоки на бумаге и места нагрева. Поставьте вентилятор на вдув.
Основной смысл правильного охлаждения внутри корпуса - вентиляционная труба, чтобы воздух проходил сквозь корпус как можно быстрее. Очевидно добавится шума, может быть понизить слегка обороты, ну и резиновые подложки хоть и не панацея, но станет лучше.