В общем смысл был в чем.
Ошибки типа
ERROR in ./kkt-electron-prebuild/native/index.node
[0] Module parse failed: Unexpected character '�' (1:2)
Указывают на то, что нет какого то модуля который может работать с соответствующим типом фалов (.node, .jsx, .sass e.t.c)
Мне для работы с .node бинарниками нужен node-loader, я его собственно в базовом конфиге подключил
Очень смутило, что в dev версии он норм работал, но это было из-за того, что я его подключал в index.html файле. Но собственно по этому build версия программы его и не находила. я его вынес в root.js (где в react подключается provider) и всё заработало.