Директива
folders маппит корневую папку с проектами, которая с хоста маппится на виртуалку. В вашем случае это ~/Documents/dev/server – в этой папке у вас должны лежать все проекты.
Директива
sites содержит конкретный маппинг папок проектов, где каждому домену соответствует папка проекта в корневой папке всех проектов (см. выше), то есть /home/vagrant/server/
project. Путь отсюда будет использован в конфиге сервера в директиве root.
folders:
- map: ~/Documents/dev/server
to: /home/vagrant/server
sites:
- map: homestead.test
to: /home/vagrant/server/homestead
- map: example.test
to: /home/vagrant/server/example
В вашей файловой системе это должно выглядеть вот так:
~/Documents
- dev
- server (вот эту папку маунтим на виртуалку)
- homestead (конкретный проект)
- example (конкретный проект)
После этого не забываем
homestead up --provision 
