АртемЪ

1. 1с
   
2. Витой парой.
   
3. Компьютеры, сканеры штрих-кодов, коммутаторы.
   
4. Возможно - вариантов множество. Если у вас реально много денег, то не вопрос.
   

Можно ли сделать так

Можно.
Как настроите синхронизацию, так и будет - где то делают только обмен из периферии в центр, где-то полностью синхронизируют.

Конечно тройку.
Главное в ЗУП это поддержка. Двойка с поддержки снята.
О чем еще речь может идти?
Вот с торговлей там все по другому - там некоторые еще на клюшках сидят.

И как я понимаю, поддержки от 1С не жди

Наоборот, главная особенность 1с это поддержка.

если вдруг обнаружится дыра в безопасности позволяющая по модему подменить реквизиты счетов в бухгалтерских проводках

Какие дыры, какие модемы?
Задача 1с вовремя приводить конфигурацию в порядок в соотвествии с изменениями в законодательстве, и оперативно устранять явные ошибки.

вбить товар, его закупочную стоимость, и цену для продажи. В конце рабочего дня вбить сколько продано, и чтобы она самостоятельно посчитала заработанное - все.

- Это Excel.
Разбираться не надо, открывайте таблицу и вбивайте.

Если нормальный учет нужен - то 1с.
Такой учет как вы описали на практике не работает.
И по этой самой причине именно такой программы вы не найдете.

Хотелось бы автоматизировать весь процесс (допустим как в экзисте/емех)

Есть очень простой базовый принцип - Если автоматизировать бардак, получиться автоматизированный бардак.

В вашем случае надо начать с правильной организации работы, а не с автоматизации.
Можете почитать литературу, или посмотреть как это сделано на других аналогичных предприятиях.
После чего разработать четкие инструкции - как маркировать, как вести учет, кто будет отвечать.
Кто будет устанавливать цены и делать переоценку, разобраться со стратегией списания - фифо, лифо.
Подумать какое оборудование нужно - сканеры штрихкода, принтеры штрихкода, купить , настроить обучить персонал.

И делать это должно руководство
В смысле инициатива должна исходить именно от руководства, и под их контролем.
Если руководству это нужно - оно это сделает.
Если не нужно - вы ничего не сделаете.
Просто никто ничего не будет маркировать и будет продавать без всяких штрихкодов, потому что так удобнее.
Без учета можно без проблем себе на авто запчастями затариваться, а будет учет - уже не прокатит.