АртемЪ

Да
Вы конечно не обязаны его покупать, но пользоваться подписью без него не сможете.

Изучаю вопрос работы с ЭЦП, которую теперь можно получить "бесплатно"

А почему бесплатно в кавычках? Ее действительно делают бесплатно.

нужно установить плагин в браузер, который в свою очередь хочет иметь Crypto Pro, которая платная.

Плагину Crypto Pro не нужен, он будет работать и без него прекрасно. Crypto Pro нужен для использования подписи.

То есть для работы с бесплатной КЭП ЭЦП от налоговой нужно купить и Носитель, и лицензию КриптоПро?

Разумеется.

На обычную флешку записать и все дела.
Токен есть смысл если очень боитесь за безопасность. Например для банка где деньги лежат.
А так большинство хранит ключи для сдачи отчетности прямо в реестре Windows.

Шифрование это видоизменение информации, таким образом чтобы ее без ключа прочитать невозможно было.
Никаких сертификатов для этого не требуется.

Сертификат это криптографический документ удостоверяющий личность или организацию.
Его используют совместно с шифрованием для того чтобы четко понимать кто что подписал и кому можно доверять.
Сертификаты может выдавать кто угодно - сгенерировать сертификат может любой школьник за несколько секунд.
Но главное в сертификате доверие - поэтому сертификат должен быть выдан центром сертификации которому пользователь будет доверять.

Пользователь добавляет все центры сертификации которым он доверяет в "Доверенные" и сразу появляется доверие ко всем сертификатам выданным этими центрами.

и в чем в целом разница между подписью и шифрованием файла,

А в чем разница между жирафом и зеленым?
Вот в этом же разница и между подписью и шифрованием.

какое шифрование применяется при создании ЭЦП

Зависит от ЭЦП - как правило один из популярных криптоалгоритмов.

можно ли сгенерировать самому?

Разумеется - инструменты для генерации встроены во все популярные ОС.

Почему Adobe Acrobat не показывает наличие подписей в PDF

А должен? Не знал что в нем есть такая функция.

Что по сути вопроса -если он таки умеет работать с подписями, и не видит ее значит файл не подписан.

Но при этом в файле есть замечательная плашка

И что? Какое это имеет отношение???

Где найти полный обновляемый список корневых и промежуточных сертификатов Удостоверяющих центров электронного правительства?

Нигде.
Насколько я знаю такой организации нет.

Есть задача организовать УЦ для некоммерческой корпоративной организации в России.

Отлично, но в чем проблема?

Подскажите, пожалуйста, какие есть open source решения или коммерческие

Чего решения? Сертификат и подпись сформировать? Так это делается встроенными системными утилитами в любой современной ОС.

но не с выпуском подписи в 500 рублей за ЭЦП.

??? Выпуск сертификата абсолютно бесплатен, я могу прям сейчас сгенерировать пару тысячь сертификатов, и это не обойдется мне ни копейки.

Процедура может быть какой угодно.
Но нужен посредник - удостоверяющий центр, которому доверяют обе стороны.
Именно он сгенерирует сертификаты и ключи для обоих сторон, и зафиксирует факт и время подписания.

Ну сделайте такую картинку в любом графическом редакторе, и вставляйте ее в нужное место документа.
Проблема то в чем?
Ну и смысл такого творчества не совсем понятен - не проще ли посмотреть подпись в свойствах файла.
Мало ли что в документе указано - а вдруг он не подписан?

Хранение - токен.
Учет - excel.
Мониторинг - что там можно мониториить?

Можно ли подписать .csv файл ЭЦП?

Подписать можно любой файл. Какое у файла расширение вообще не важно.

Если да, то как.

Так же как и другие файлы. Берете софт предоставленный вам УЦ - указываете файл который надо подписать и готово.

как лучше обойти данное ограничение?

Никак, ибо оно на стороне сервера.

Может есть какие-нибудь готовые решения в виде, к примеру расширения для браузера?

Есть.
Ставите любой менеджер паролей имеющий расширения для браузера (KeePass, Roboform, etc), вбиваете пароли и все.
По одному клику на строчке в менеджере открывается нужная страница.

А что там следить? Кончился срок действия - заказал новый.

Ну для начала надо понимать что такое ЭЦП - к документу прикрепляется его хэш, и еще некоторая информация.
Любое изменение документа - меняется хэш и подпись становится недействительной.
Для этого она и нужна - чтобы исключить возможность изменения подписанного документа.

Поэтому сначала меняете документ - добавляете в него что угодно(текста, графику) после чего подписываете его ЭЦП.

Можноли из своей ЭЦП сделать SSL для сатйа?

Для работы SSL нужны пара ключей и сертификат. Вы можете сами сгенерировать ключи и сертификат для SSL. Утилиты для генерации ключей и сертификатов встроены в любую популярную ОС.
Зачем для этого может понадобиться ЭЦП от СКБ Контур мне непонятно. Что вы там подписывать то будете ей?

могу ли я подписать им свой сайт? )

Подписать сайт вообще дело проблематичное. Как вы вообще это себе представляете - подписать сайт.
Подписать можно файл - если сайт выгрузить в файл, то можно подписать.

Если в договоре указано, что он подписывается электронной подписью

Ну если так написано, значит надо его подписывать электронной подписью, получать сертификат и открытый ключ в УЦ и подписывать.

нажатием кнопки

Какая разница каким способом вы запустите софт подписывающий докуменнт? Это не обязательно указывать.

тем самым несет юридическую ответственность и подпись расценивается как собственноручная на бумажном носителе

Ни в коем случае, электронная подпись и собственноручная это разные вещи. А про какую ответственность идет речь непонятно.

Да кто ж их знает, может совесть мешает, если она есть, или просто лень.

у самого пользователя должны быть установлены специальные программы

Ну разумеется.Подписывает кто - пользователь!
Поэтому у пользователя должен стоять софт который достанет ключ из хранилища, обеспечит интерфейс для подписывания файла.
Нет софта - нет подписи.

Обычную подпись пользователь ставит с помощью шариковой ручки - для этого ему нужна шариковая ручка.
Электронную подпись пользователь ставит с помощью софта - для этого ему нужен софт.

На сайте госуслуг кажется есть возможность подписать документ(при подаче 3-ндфл, вроде) без установки сторонних программ, может кто в курсе как это реализовано?

Нет такой возможности. В смысле подписать без софта. А подать документ без электронной подписи это возможно.

Вам для чего?
И какой софт?

• Если вам продали решение на базе софта КРИПТО ПРО - спрашивайте инструкцию у тех кто вам продал решение на базе КРИПТО ПРО.
  
• Если вы сами делаете решение- спрашивайте инструкцию у продавца данного продукта, перед покупкой.