АртемЪ

Для начала нужно определится в какой области планируете работать.

администрирования линукс

это слишком расплывчатое понятие.
Можно работать с БД, можно с сетью, можно работать с web серверами, с виртуализацией, и.т.п.

Можно ли установить во внешний жесткий диск операционную систему?

Можно, но сложно.

Но надо понимать что работать будет заметно медленней чем по SATA.

Запускайте бэкап и замеряйте нагрузу - очередь диска, сеть, процессор, то же самое на машине куда копируете.

Софт для визуального обучения управления и настройки серверами?

Не совсем понятно что вы имеете ввиду.

Управление сервером осуществляется либо из графического интерфейса либо из командной строки.
Для управления нужны следующие вещи -
1) Понимание как работает сервер, чтобы понимать что вообще нужно делать.
2) Знание конкретного инструмента управления - например графической оболочки для управления конкретным сервером чтобы знать какие кнопочки тыкать, или CLI чтоы знать какие команды вводить

Нужно понять настройку и установку apache / nginx / mysql / apache / php / mail и тд... ?

Идете на офсайт нужной программы и читаете инструкции, или скачиваете документацию
После этого приходит понимание как работает конкретная программа например nginx, какие настройки ей нужны.
Когда такое понимание есть - вносите эти настройки удобным вам способом - или из командной строки, или используете какие-нибудь графические интерфейсы позволяющие это сделать.

или может быть можно установить оболочку на vps чтобы видеть все визуально?

Смотря для чего например чтобы увидеть визуально настройки nginx достаточно текстового редактора. Потому что все настройки это текстовый файл - открываете и видите.

Где взять полный ликбез и роадмап по серверам nginx apache php-fpm

На офсайте.

1. По разному, Hyper-v
   
2. Так, как удобнее.
   
3. Будет, если железо потянет.
   
4. Ну я думаю будет, если заставить, хотя бывают прогеры которых трудно заставить.
   
5. Нет. Виртуалки на голом железе не работают, придется сначала ставить систему виртуализации.
   

• Ну для начала стоит понять что Windows и Linux довольно разные системы, и ресурсы для их изучения будут разными.
  
  
• После этого придет понимание что вопрос нужно разделить на две части -
  изучение Windows и изучение Linux.
  
  
  
• Ну а когда вы разделите вопрос необходимо вбить его в поиск в верхней части страницы и вы найдете кучу ответов на ваш вопрос.
  
  
• Так же неплохо ознакомится с пунктом 2.2 правил этого ресурса
  

В идеале - рабочая машина, и небольшой домашний сервер с гипервизором.
Самый основной принцип который недооценивают - это не работать с полными правами.
На критичных машинах настраиваем ограниченную учетную запись, устанавливаем необходимый софт, настраиваем политику ограниченного использования программ, ничего лишнего - закрыты все порты кроме явно разрешенных, машина за NAT'ом. Если не требуется круглосуточная работа с этими данными - глушим виртуалку при ненадобности. Доступ по RDP/VNC с рабочей машины с ограниченными правами. Это надежно, это непробиваемо. Если при работе с критичными данными интернет не нужен, вообще доступ в интернет запрещаем.

на входе от провайдера два последовательных роутера разных моделей

Зачем? Хватит одного, того же микротика, главное чтобы управлялся он вами, а не провайдером.

Но если у человека фобия - тут уже все сложно. Логичные аргументы тут не помогут. А излишние навороты это лишние проблемы.
На основной машине - среднюю безопасность, там шаримся в интернете, делаем что хотим, но критичных данных не держим.

Никак.
Windows 10 не умеет работать с такими файловыми системами как ext4 и тем более создавать их.

Почему упала скорость интернета?

Нет никакой скорости интернета. Интернет это сеть, и у него нет скорости.

Скорость согласно тарифу 50 Мб/с.

Это значит что провайдер предоставляет вам доступ к сети интернет, на скорости до 50 Мб/с, при превышении скорости будет срабатывать шейпер и ограничивать скорость обмена информацией.

для замеров подключаюсь к непровайдерскому серверу

Вот этим вы замеряете не какую-то мифическую скорость интернета, а скорость доступа к конкретному серверу. Скорость доступа к другому серверу будет другой.

А скорость доступа к одному и тому же серверу с разных ОС должна быть примерно одинакова.

Можно ли так сделать и стоит ли(будут ли какие-то значительные потери в производительности), а также какие подводные камни здесь есть?

Запихать конечно можно.
Но разумеется делать так ни в коем случае не стоит.
На 128GB можно поставить только одну систему - это займет около половины диска, вторая останется свободной.
Если запихать туда две ОС - у вас там банально свободного места не останется.

Во первых - системный раздел это место где всегда что-то пишется и удаляется - логи, временные файлы, поэтому должен быть запас свободного места.
Во вторых - SSD нельзя забивать под завязку если хотите чтобы он нормально работал.
В общем на диск 128Гб можно поставить Windows 10 при условии что там не будет тяжелых программ, если это не офисный компьютер и планируются более тяжелые задачи и множество софта, то минимум 250Гб.
В общем для двух берите 500Гб

Как задать ограничения темпиратуры SSD в Debian 9?

Зачем?

Греется страшно

С чего вы так решили? Обожгли руку?

По поводу Psensor и подобных утилит -изредка они показывают температуру диска, но чаще они показывают погоду в африке, или курс доллара.

Можно.
Работать будет без проблем.
Но только легкий софт - с такими софтом как фотошоп например уже не получится полноценно работать.
Все что касается графики - с этим уже не поработаешь.