Про Spotlight (cmd+пробел) для запуска программ уже писали. Очень удобно. Можете еще попробовать Quicksilver, Albert. Меня в итоге стандартный функционал устроил.
Док сделал слева и скрывающимся. Пользуюсь довольно редко.
Перелистывание рабочих столов есть по Ctrl+стрелки вправо/влево.
Еще поставил Xtrafinder. Довольно удобное дополнение к файндеру, но в капитане его установить не просто.
Для терминала поставил iTerm и Oh my zsh.
Работаю с двумя мониторами, так что часы обычно где то видно.
