Kano

Вы можете создать одно общее приложение с привязкой к вашему домену, а внутри этого приложения добавить пару виртуальных приложений:
app ссылается на веб клиент и
api ссылается на api .net
Также вам пригодиться вот такое расширение для iis www.iis.net/downloads/microsoft/url-rewrite
При помощи которого можно настроить так чтобы все запросы не относящиеся ни к api, ни к app перенаправлялись на статическую стартовую страницу

Строки почти идентичны за исключением второй где указана опция encrypt=true, которая включает ssl шифрование, причем в серификате на сервере должен быть прописан адрес совпадающий с адресом в параметре server иначе подключение не установиться.
Первая строка подходит для разработки и тестирования с тестовыми данными.
Вторая же предназначена для рабочего приложеня где важна защита данных (azure всетаки облачный сервис и прежде чем ваши данные дойдут до базы они пройдут не один серверный узел, т.е. в теории могут попасть в чужие руки)

В версии 4.5 сильно изменился алгоритм шифрования ViewState в сравнении с 4.0

Попробуйте это прописать в конфиг приложения
<machineKey compatibilityMode="Framework20SP1" />