Кроме стоимости дистрибутива Windows, есть еще стоимость рабочего времени сотрудников, стоимость поддержки, стоимость новых бизнес-процессов и т.д., и т.д.
Многие компании, совершившие переход на линукс из-за нулевой стоимости, потом вернулись на Windows именно потому, что в комплексе, оказалось дороже на линуксе...