NewMax

Когда-то давно делал так (с проверкой существования нужных файлов в архиве):

//передается путь к zip архиву
public function getData($filename)  {
$zip = new \ZipArchive;
$res = $zip->open($filename);
if ($res === true) {
  $msg = '';
  $fail = false;
  if (!$zip->getFromName('1.txt')) {
     $fail = true;
     $msg .= 'В архиве не найден файл 1.txt. ';
   }
   if (!$zip->getFromName('2.txt')) {
         $fail = true;
         $msg .= 'В архиве не найден файл 2.txt. ';
    }
    if (!$zip->getFromName('3.txt')) {
          $fail = true;
          $msg .= 'В архиве не найден файл 3.txt. ';
    }
    if (!$zip->getFromName('4.txt'))
    {
                $fail = true;
                $msg .= 'В архиве не найден файл 4.txt. ';
    }
    if ($fail) {
         return $ms;
    }
    $zip->extractTo(__DIR__.'/../../../../web/uploads/DBfiles/res');
    $zip->close();
    return 'Файлы успешно распакованы';
   }
   return 'Не удалось открыть архив';
}

И старые файлы успешно заменяются.