У тебя сценарий неправильный.
> Допустим, внёс изменения в БД, как их в миграцию-то добавить?
Ты создаешь миграцию, которая имеет два метода:
1. up - изменение структуры бд или таблицы
2. down - откат этих изменений.
А команда для создания пустой миграции есть в документации. migrate create /path/to/sql
https://github.com/Umarbatalov/http-service/blob/m... Если интересно можешь глянуть как сделал я, хотя я не говорю, что это правильно) Только вместо кода ошибки, возвращай, что-нибудь другое, эт я для себя делал)