В вашем вопросе много лишнего, к примеру PHPStorm и ISPManager, выкидываем и получаем вопрос:
"Как деплоить php приложение из git"
Ищем тут или в гугле и находим кучу вопросов и ответов на них и даже море информации про DEV среду.
В результате вы поймёте что все решения сводятся к одной и той-же команде "git pull" и разница только в том как она выполнится - руками или автоматически.
Для продакшн и дэв не нужно отдельных репозиториев, разные ветки и "git merge" в нужный момент.
И да, вы не поняли как вообще работает GIT, судя по "и как потом из него все передавать в рабочую версию?"