Может быть что угодно, защита админка через шаблон, через ip, через скрипты, или специально выведена из строя, или нужно специальный get запрос послать и т.д. Копать надо фтп и файлы
Включить Notepad++ или другую программу которая может искать данные в файлах, нажать Найти в файлах и попробовать найти этот домен, или другой кусок кода который вставляется.