Что удалось нарыть:
Работают непосредственно с сущностями, которые генерит ORM с помощью Repository. А вся бизнес-логика располагается в Service. Делают маппинг с помощью AutoMapper с использованием ViewModel на стороне Presentation. Бывает Service и Repository дробят на мелкие классы Query и Command.