Я достаточно много работал в иллюстраторе, но ниразу не открывал панель слоев, соответственно и не группировал. Мне кажется там работа со слоями второстепенна.
Но если вы делаете сайт, то полагаю тут другое дело. Лично я группирую сайт по блокам, а не по типу контента (banner, filtr, about).
И иллюстратор не самый удобный инструмент для создания сайтов.)
