Вероятно автор уже давно нашёл ответ на свой вопрос, однако, возможно решение будет кому-то ещё полезно.
Итак, чтобы получить два бандла, проще всего создать отдельную entry_point для каждого из них.
В конфиге это будет выглядеть примерно следующим образом:
const webpack = require('webpack');
const constants = require('./constants');
const path = require('path');
const config = {
entry: {
app: './entry.jsx',
// path, кстати, можно ещё и вот так использовать:
anotherEntryPoint: [path.resolve(constants.src_path, 'anotherEntryPoint', './entry_two.jsx')],
},
output: {
path: constants.dst_path,
filename: 'js/[name].js',
},
// Далее остальной конфиг...
}
Собственно, вот и всё.