На самом деле всё довольно просто. Можно пойти двумя путями:
1) Создать функцию внутри метода и вызывать её. Простой и удобный способ. Не захламляется класс и не нужно создавать никаких параметров для метода

slidesNavigation() {
  // твой метод, в котором уже есть код
  ...

  // заменяешь повторяющийся фрагмент на вызов функции
  toggleDotClasses();

  // функция, в которую завёрнут часто повторяющийся фрагмент
  function toggleDotClasses() {
    sliderDots[indexItemPrev].classList.remove('active');
    indexItemPrev = indexItem;
    sliderDots[indexItem].classList.add('active');
  }
}

2) Создать новый метод в классе. Так стоит сделать, если есть как минимум подозрение, что этот твой метод может потребоваться в других методах кроме slidesNavigation

class PortfolioSlider {
  ...

  // новый метод класса. нижнее подчеркивание намекает на то, что метод как бы приватный (служебный)
  _toggleDotClasses(sliderDots, indexItemPrev, indexItem) {
    sliderDots[indexItemPrev].classList.remove('active');
    indexItemPrev = indexItem;
    sliderDots[indexItem].classList.add('active');
  }

  slidesNavigation () {
    this._toggleDotClasses(sliderDots, indexItemPrev, indexItem);
  }
}

На мой взгляд лучше использовать первый вариант. В текущей реализации класса второй вариант не очень удобен