Думаю, что единственно верной и работающей системы для всех не существует.
Секрет в том, чтобы периодически пересматривать существующую структуру и менять её параллельно с собственной эволюцией.
Как и в домашнем хозяйстве, безжалостно удалять то, чем не пользовался давно — оно не только занимает место, но и отнимает полезное пространство структуры, заставляя тратить больше времени на копания.
Второй секрет — выбрав систему, придерживаться её в любом случае. Когда заметны недостатки — улучшать сразу. Не откладывать, как верно заметили, в мусорную папку tmp или downloads.
Неплохо также сделать такую структуру, чтобы чаще используемая информация была проще и быстрее доступна.
