В Yii2 bootstrap не внедрён вообще. Просто в фреймворке есть всё, чтобы с ним работать и в поставляемых по умолчанию шаблонах это используется.
Вот, например, мой шаблон, чтобы работать без bootstrap:
rmcreative.ru/blog/post/yii2-minimal
Ну а вообще с bootstrap приятно.