Проще всего с CMS перепрыгнуть на Laravel/Lumen. Само собой должны быть хорошие знания PHP. Админку лучше самому написать.
Если с этим проблема, то Modx. Админка имеется.
Попробуйте перелогиниться. Возможно .bash_profile не запускается автоматически. Это вопрос к хостеру.
Обычно алиасы хранят в ~/.bash_aliases
В ~/.bashrc
if [ -e $HOME/.bash_aliases ]; then
source $HOME/.bash_aliases
fi
Слышал, что можно создавать приложения без использования вёрстки совсем.
Можно. Если за вас это сделает кто-то другой. Для себя можете подобрать какой-то фреймворк и с ним работать. Я предпочитаю Uikit3, но у меня проекты в виде админок.