метод CIBlockElement::SetPropertyValues должен был сработать.
А что вы имели ввиду под
Пробовал автоматически активировать это свойство
Попробуйте для начала на одном товаре протестить код как в примере(измените на своё свойство)
https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/classes/c...
При каком условии вы хотите активировать флажок "Акция"?