Нашел для себя приемлимое решение.
Например, есть профиль user. Есть жесткий диск помеченный как hdd500. Заходим в /var/www/owncloud/data/user удаляем папку files. Делаем симлинк sudo ln -s /mnt/hdd500 /var/www/owncloud/data/user. Затем переименовываем симлинк hdd500 в files. После этого у пользователя user с кириллицой больше нет никаких проблем, то есть везде можем зайти и все можем скачать.
