в админке есть контент вкладка, там структруа сайта , и файлы и папки (по сути это те же файлы что на фтп) и там ищите footer.php в разных местах может быть, в основном bitrix/template/**/footer.php
или просто наведите на футер ,включите режим редактирования,сверху и редактируйте как php код
