Если вам требуется хранить ссылку на popup, то в архитектуре вашего расширения печалька.
Используйте chrome.runtime.onMessage / chrome.runtime.sendMessage
либо https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/B...
Это в настройках системы меняется.
Для win10
Cистема / Приложения по умолчанию / Выбор стандартных приложений для протоколов
либо
Cистема / Приложения по умолчанию / Задать значение по умолчанию по приложению / Найти вашу звонилку в списке / Использовать эту программу по умолчанию