Встала похожая задача. Почитав все что можно, ответа не нашел. Решил сам проверить, как оно будет с одной базой.

1. Под гео данные сделал отдельное приложение app_geo.
2. В инете нашел, что django.contrib.gis.db.models наследуется от django.db.models, по этому в этом апп-е в models.py прописал

from django.contrib.gis.db import models

В моделях других приложений оставил старый вариант

from django.db import models

3. Поменял в settings.py движок, как указано в шапке.

После миграции в базу добавились парочка новых таблиц из app_geo.
В итоге все работает нормально.