Исключительно отдельно. При необходимости, можно одним fbx, но при этом объекты должны быть обязательно самостоятельными мешами.
Идея в том, что с точки зрения производительности Юнити с большей любовью и трепетом воспринимает отдельные объекты. Движку не нужно держать в памяти всю модель уровня, а значит не придётся есть ресурсы целевого компа. Плюс, при самостоятельных объектах локацию проще будет редактировать прямо в движке, это позволить использовать повторяемость предметов, чтобы каждая условная "кружка" или "бочка" на карте были не самостоятельными мешами, а просто дубликатами одного и того же. Что также значительно сократит потребление ресурсов. Ну и никто не отменял запекание окружения.
