3. блок питания рабочий
Каким образом это было определено? Были измерены выходные напряжения при включении и нагрузке? Он был подключен к другому ПК? Он был заменен на заведомо исправный БП? Все очень похоже на неисправный БП: потому что с исправным БП харды запускаются независимо от наличия материнской платы.
Сервер собирался на столе или в корпусе? При переносе в другую стойку корпус могли немного погнуть/уронить/еще чего-то и где-то что-то могло замкнуть из-за перекоса. Имеет смысл собирать на столе.