где я могу держать заметки и цитаты из книг в электронном виде с высокой гарантией их сохранности
Метод своеобразный, плюс не совсем ясно на чём вы читаете, но если это Android, то в программе
FBReader есть закладки, которые создаются выделением текста прямо при чтении. Попробуйте - бесплатная версия у них есть, а ограничений в ней почти нет.
У них также есть некая
FBReader Book Network, позволяющая многое синхронизировать (в т.ч. закладки) через google drive. Сам я пока её не пробовал.
Кроме того, ФБРидер существует для целого набора ОС и устройств, но что поддерживается в каждом конкретном варианте, лучше смотреть уже вам.