Проблема решена. Путем исследования выяснилось, что если накопитель поставить не на место основного, а в оптибэй (вместо SuperDrive), то все начинает работать как нужно. То есть, сейчас быстродействие соответсвует моим ожиданиям. Надеюсь, это пригодится кому-то в будущем.