Если у вас "стоит связка nginx+apache2", то зачем apache2 отвечает на внешние запросы?
По-идеи, за обработку внешних запросов http:80/https:443 должен отвечать nginx, и при необходимости проксировать их уже локально apache2. А, apache2 в свою очередь должен слушать только локлаьные запросы и быть недоступен извне.
Тогда и поисковики не увидят страницы с разными портами.
есть варианты как это вылечить?
Как вариант правильно настроить apache2/nginx и хосты, настроить robots.txt и подождать какое-то время, пока поисковики не переиндексируют сайт.
