Используйте Webpack для сборки кода JS + SASS (Есть возможность подключать только то что нужно от библиотеки а не всей кучей), от JQuery вообще лучше бы отказаться, Т.к. Javascript и возможности css полностью его покрывают (И есть много альтернатив под конкретные задачи а от JQ вам нужно МАКСИМУМ 15% его возможностей).
Для верстки ушёл от bootstrap, использую
Uikit 3.
Vue.js очень мощная штука, но индексировать сайты на vue умеет пока только гугл, у яндекса с этим все плохо.
БЭМ - Однозначно стоит использовать, т.к. структурирует название классов верстки и не надо ничего велосипедить.
Список отличных инструментов на все случаи жизни -
https://github.com/sindresorhus/awesome 
