В генту есть такая штука как getdelta. Как раз качает только то что изменилось (http://ru.gentoo-wiki.com/wiki/HOWTO_%D0%AD%D0%BA%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D0%BC%D0%B8%D1%8F_%D1%82%D1%80%D0%B0%D1%84%D0%B8%D0%BA%D0%B0_%D1%81_%D0%BF%D0%BE%D0%BC%D0%BE%D1%89%D1%8C%D1%8E_deltup)
Более того, в funtoo (ответвление от gentoo) даже сам список пакетов лежит в git, и его можно откатить на любое число и поставить пакет любой версии