Обрабатывать
message
надо в зависимости от того, куда у вас там пишет filebeat:
- Logstash: пишите пайплайн для обработки в нём, мануалов тысячи.
- Elasticsearch Ingest: пишите processor
- Другая принимающая сторона: смотрите как фильтровать и парсить конкретно в ней.