А что имеете ввиду, когда пишете о наборе инструментов ?
Несколько мыслей вслух
1) Если проект с почасовой оплатой, то ничего страшного в том, чтобы дать заказчику доступ к репозиторию с кодом. Ему спокойно, Вам не напряжно.
2) Можно утвердить время для ежедневных (или пару раз в неделю) митингов по скайпу. Все знают точное время начала и всегда готовы. Всегда можно заранее перенести время-дату.
3) Для небольших проектов кажется удобным трелло. Нужно только сразу договориться о правилах. Писать только по существу. Каждый тикет - одна тема. Итд итп. Для маленьких проектов бесплатного функционала хватает с головой.
4) Трелло позволяет прикреплять к теме видео демонстрации реализации отдельных задач. Пояснения голосом помогают кратко показать что и как работает.
5) О некоторых вещах лучше договориться на берегу. Например : выходные дни - святое))). Игнорируются только в случае серьезного форс-мажора )) итд.
Самое главное, чтобы в процессе принимали участие адекватные люди. Остальное приложится )