Вы написали о каких-то проблемах, но непонятно какую задачу вы вообще решаете.
Вы пытаетесь написать 3d-редактор?
Про буферы - создайте буфер большего размера с запасом. И для вершинного и для индексного.
Ведь когда вы отрисовываете вы передаете команде отрисовке параметром сколько рисовать.