Проверьте название таблицы, регистр или склонения имен.
Проверил на своей таблице
SELECT * FROM users WHERE phone IN ('111','222','333','444') AND id IN (1,2,3,4)
выдало правильный результат.
Может у вас имена и id не пересекаются? Т.е. среди пользователей 3, 5, 6 и 10 нет тех, у кого имя Юрий, Юлия или Федор?
