Self-hosted Gitlab для кода и код-ревью. Там же в вики документация для разработчиков. TeamCity в качестве билд-сервера. Переписка в Slack. В Slack же падают уведомления от Gitlab и TeamCity (очень удобно, в гитлабе встроенная поддержка слака, для тимсити есть плагин). Как трекер задач используем Redmine допотопной версии. В планах попробовать YouTrack, так как у него отличная интеграция с TeamCity.
Документация для менеджеров в вики Sharepoint.

Посоветую Journey. Правда, нет Windows-приложения, зато вполне неплохое приложение Chrome. Ну и для Андроида тоже есть.
Удобно, красиво, есть всё, что вам нужно.
+ Даже есть отметки на карте.