Дмитрий Федюк

Для удаления вируса с сайта надо сравнить программный код сайта с эталонным программным кодом используемой сайтом версией Magento посредством специальных инструментов сравнения типа Araxis Merge.
Качественно сделанный вирус мог уже размножиться за пределы Magento, поэтому удалять вирус должен квалифицированный специалист.
Обычное обновление Magento вирус не устранит. Обновлять Magento надо либо до заражения, либо после устранения последствий заражения.

Мне для решения задачи быстрой установки единого программного обеспечения (в том числе на разные сервера) и удобного централизованного обновления этого программного обеспечения больше всего нравится использовать контейнеры Docker.

Например, я использую Docker для установки и обновления современного форумного движка Discourse (ручная установка которого намного сложнее даже, чем ручная установка Magento):
Установка через Docker: discourse-forum.ru/t/topic/11
Обновление через Docker: discourse-forum.ru/t/topic/42

С Docker вся процедура установки (и аналогично — процедуру обновления) нового сайта укладывается в несколько команд, которые можно поместить в единый шелл-скрипт.

Для Magento я пока контейнеры Docker не делал, потому что я начал работать с Magento слишком давно (в 2009 году), когда Docker ещё не было, и в своё время приходилось разрабатывать для быстрого развёртывания Magento другие инструменты. Теперь же, пользуясь Docker для других проектов, планирую перейти на Docker и для Magento.

1. Как правило, любое программное обеспечение в среде виртуальной машины работает в разы медленнее, чем в обычной среде основной операционной системы компьютера.
   
   Отказ от Vagrant и Virtualbox и установка требуемого для разработки программного обеспечения (интерпретатор PHP, веб-сервер, XDebug) напрямую ускорит работу Magento в разы.
   
   
2. Всё перечисленное программное обеспечение (интерпретатор PHP, веб-сервер, XDebug) является свободным и поставляется с открытым исходным кодом, поэтому при отсутствии скомпилированной версии конкретно для Вашей операционной системы его можно скомпилировать самостоятельно.
   Поэтому XDebug доступен во всех средах (операционных системах), которые разработчики используют для разработки интернет-магазинов, в том числе и для Mac OS X 10.9.
   
   
3. Современные версии интерпретатора PHP (5.5.13) работают заметно быстрее, чем используемая Вами устаревшая версия PHP 5.3.2, которая была выпущена 4 года назад, 4 марта 2010 года.
   
   
4. Заметное ускорение работы Magento даёт правильная настройка MySQL, а особенно подсистемы InnoDB, интенсивно используемой Magento,
   
   
5. Помимо программной настройки заметно ускоряет работу MySQL размещение баз данных на отдельном носителе данных.
   В частности, одним из простых способов ускорения Magento на локальном компьютере является покупка быстрого внешнего накопителя данных
   (который можно подключить через обычный интерфейс USB) и использование этого носителя только для баз данных MySQL.
   
   
6. Значительно ускоряет работу Magento использование акселератора PHP.
   Несколько лет назад лучшим решением для Magento был акселератор APC, в настоящее же время акселератор (называется OPCache) уже включён в ядро современных версий PHP.
   
   
7. В обычных условиях промышленной эксплуатации Magento значительно ускоряется посредством включения кэширования данных и режима, который в Magento называется «компиляция» (почти не имеет отношения к общепринятому смыслу слова «компиляция», технология заключается в автоматическом слиянии множества файлов с программным кодом в единый, что на несколько порядкой сокращает количество обращений к файловой системе).
   
   В условиях разработки от кэширования данных и «компиляции», как правило, приходится отказываться, потому что в этих режимах поведение системы не всегда может соответствовать текущему состоянию программного кода и данных.
   
   
8. В таких условиях значительный (при выключенном кэшировании — до 50%) прирост производительности даёт установка специального расширения для интерпретатора PHP: «Быстрое ядро Magento».
   
   «Быстрое ядра Magento» реализует низкоуровневые, наиболее ресурсоёмкие и никогда не меняемые прикладным программистом операции Magento на языке С, что ускоряет их на порядок.
   Примером таких операций является работа с XML.
   В дистрибутиве Magento Community Edition 1.9.0.1 содержится 884 файла XML, и большая часть из них будет обрабатываться при каждой загрузке страницы, если кэш отключен, и это будет занимать 30-40% от общего процессорного времени, требуемого для формирования веб-страницы витрины интернет-магазина.