main.cpp - это главный файл, где запускается твое приложение,
mainwindow.cpp - здесь реализуются методы класса, который лежит в mainwindow.h

pro-файл нужен для задания конфигурации твоей программы, чтобы она знала, откуда брать исходники, какие библиоткеи получать и тд