Динамически выводить путь. например
<a href="<?=link('/index')?>">страница</a>
<img src="<?=asset_link('/img/1.png')?>"/>
В этих функциях соответственно добавлять нужный префикс. И пробросить этот префикс в JS:
<script>
SITE_HOST = '<?=link()?>';
ASSETS_HOST = '<?=asset_link()?>';
</script>